在生物反应器接种后，使用三种主要类型的生物反应器工艺：分批、连续和分批补料。分批生物反应器工艺包括用培养基和接种物填充生物反应器，并在不添加营养物或培养基的情况下运行生物反应器，直到完成生长曲线。 
连续生物反应器工艺不断地将营养物质和培养基送入生物反应器，同时也不断地从生物反应器中收集材料。由于材料不断被收获，这些过程可能会导致收获材料的数量更大和生物反应器的活动时间更长。缺点是，较长的生物反应器活动大大增加了污染的机会。 
分批补料生物反应器工艺是较为常用的生物反应器工艺。这个过程从较低的起始体积开始，并按照设定的时间表及时补加营养物质和培养基，使得产品可以持续收获。该过程完成后，再将收获材料以进行下游加工。
生物反应器将生化产品转化为产品。在某些情况下，细胞灭活或灭菌是在 生物反应器中进行的，例如在水处理中。描述了许多不同的生物反应器和生物反应器应用，包括用于细胞生长、酶生产、 生物催化、食品生产、牛奶加工、挤压、组织工程、藻类生产、蛋白质合成和厌氧消化的那些是经过设计和生产的容器，旨在为酶或整个细胞将生化物质转化为产品提供有效环境。在某些情况下，细胞灭活或灭菌在生物反应器中进行，例如在水处理中。描述了许多不同的生物反应器和生物反应器应用，包括用于细胞生长、酶生产、生物催化、食品生产、牛奶加工、挤压、组织工程、藻类生产、蛋白质合成和厌氧消化的那些。